Si el asistente de configuración MySQL detecta un fichero my.ini preexistente, se tiene la opción de reconfigurar el servidor o quitar la instancia borrando el fichero my.ini y deteniendo y quitando el servicio MySQL.

Para reconfigurar un servidor existente, debe escogerse la opción Re-configure Instance y hacer click en el botón Next. El fichero my.ini actual será renombrado como mytimestamp.ini.bak, donde timestamp es la fecha y hora en que el fichero my.ini existente se creó. Para quitar la instancia del servidor actual, debe seleccionarse la opción Remove Instance y hacer click en el botón Next.

Si se selecciona la opción Remove Instance , se continúa con una ventana de confirmación. Al hacer click en el botón Execute, el asistente de configuración MySQL detendrá y quitará el servico MySQL, tras lo cual borrará el fichero my.ini. Los ficheros del servidor, incluyendo el directorio data, no se eliminarán.

Si se opta por Re-configure Instance , se continúa hacia el cuadro de diálogo Configuration Type donde puede elegirse el tipo de instalación a configurar.