En Windows, InnoDB siempre almacena internamente en minúsculas los nombres de bases de datos y tablas. Para mover bases de datos en un formato binario de Unix a Windows o de Windows a Unix, se deberían tener en minúsculas todos los nombres de tablas y bases de datos. Una forma apropiada de cumplir con esto es agregar la siguiente línea a la sección [mysqld] de los ficheros my.cnf o my.ini antes de crear cualquier base de datos o tablas:

[mysqld]
lower_case_table_names=1

Al igual que los ficheros de datos MyISAM, los ficheros de datos y de registro (log) de InnoDB son compatibles a nivel binario en todas las plataformas que tengan el mismo formato de números de coma flotante. Se puede mover una base de datos InnoDB simplemente copiando todos los ficheros relevantes que se listan en Sección 15.8, “Hacer una copia de seguridad y recuperar una base de datos InnoDB”. Si los formatos de número de coma flotante difieren pero no se han empleado tipos de datos FLOAT o DOUBLE en las tablas, el procedimiento es el mismo: copiar los ficheros necesarios. Si los formatos difieren y las tablas contienen datos de coma flotante, se deberá emplear mysqldump para volcar las tablas en un ordenador e importar los ficheros de volcado en otro.

Una forma de incrementar el rendimiento es desactivar el modo autocommit (ejecución automática) al importar datos, asumiendo que el espacio de tablas tiene suficiente sitio para el extenso segmento de cancelación (rollback) que generará la importación de transacciones. La confirmación (commit) se hará luego de importar una tabla entera o un segmento de una tabla.