Los ficheros de datos definidos en el fichero de configuración forman el espacio de tablas de InnoDB. Los ficheros simplemente son concatenados para formar el espacio de tablas. No se utiliza striping (grabación de datos a través de varios discos en simultáneo). Actualmente no se puede definir en qué parte del espacio de tablas se ubicarán las tablas. Sin embargo, en un espacio de tablas nuevo, InnoDB asigna el espacio comenzando por el primer fichero de datos.

El espacio de tablas consiste en páginas de base de datos con un tamaño por defecto de 16KB. Las páginas se agrupan en áreas de 64 páginas consecutivas. Los “ficheros” dentro de un espacio de tablas se llaman segmentos en InnoDB. El término “segmento de cancelación” (rollback segment) es un tanto confuso porque en realidad contiene varios segmentos del espacio de tablas.

Por cada índice de InnoDB se asignan dos segmentos. Uno es para los nodos que no son hojas del B-tree, el otro es para los nodos hoja. La idea es mejorar la secuencialidad de los nodos hoja, los cuales contienen los datos.

Cuando un segmento crece dentro del espacio de tablas, InnoDB ubica las primeras 32 páginas individualmente. Luego de ello, comienza a ubicar áreas enteras en el segmento. InnoDB puede adicionar a un segmento grande hasta 4 áreas de páginas cada vez, para asegurar una adecuada secuencialidad de los datos.

Algunas páginas en el espacio de tablas contienen bitmaps de otras páginas, por lo tanto unas pocas áreas en un espacio de tablas InnoDB no puede asignarse a segmentos como un todo, sino solamente como páginas individuales.

Cuando se consulta el espacio libre disponible en el espacio de tablas mediante una sentencia SHOW TABLE STATUS, InnoDB informa las áreas que están totalmente libres en el espacio de tablas. InnoDB siempre reserva algunas áreas para depuración y otros propósitos internos; estas áreas reservadas no se cuentan en el espacio libre.

Cuando se eliminan datos de una tabla, InnoDB reduce los correspondientes índices B-tree. Depende del patrón seguido por las eliminaciones, si se liberan páginas individuales o áreas del espacio de tablas, de forma que el espacio desocupado quede disponible para otros usuarios. Eliminar una tabla, o todas las filas que contiene, seguramente servirá para liberar el espacio, pero no hay que olvidar que las filas eliminadas solamente desaparecen físicamente cuando dejan de ser necesarias para cancelar transacciones o de integrar lecturas consistentes.