InnoDB detecta automáticamente un deadlock de transacciones y cancela una o más transacciones para evitarlo. InnoDB intenta escoger para cancelar transacciones pequeñas, el tamaño de la transacción es determinado por el número de filas insertadas, actualizadas, o eliminadas.

InnoDB se mantiene al tanto de los bloqueos de tablas si innodb_table_locks=1 (1 es el valor predeterminado), y la capa MySQL por debajo sabe acerca de bloqueos a nivel de fila. En otro caso, InnoDB no puede detectar deadlocks cuando están involucrados un bloqueo de tabla establecido por una sentencia LOCK TABLES o por otro motor de almacenamiento que no sea InnoDB. Estas situaciones se deben resolver estableciendo el valor de la variable de sistema innodb_lock_wait_timeout.

Cuando InnoDB lleva a cabo una cancelación completa de una transacción, todos los bloqueos de la transacción son liberados. Sin embargo, si solamente se cancela como resultado de un error una sentencia SQL individual, algunos de los bloqueos impuestos por la sentencia SQL podrían mantenerse. Esto se debe a que InnoDB guarda los bloqueos de fila en un formato en el que no puede luego saber qué sentencia SQL originó cada bloqueo.