Importante: No se deben convertir las tablas del sistema en la base de datos mysql (por ejemplo, user o host) al tipo InnoDB. Las tablas del sistema siempre deben ser del tipo MyISAM.

Si se desea que todas las tablas que no sean de sistema se creen como tablas InnoDB, simplemente debe agregarse la línea default-table-type=innodb a la sección [mysqld] del fichero my.cnf o my.ini.

InnoDB no posee una optimización especial para la creación separada de índices en la misma forma que la tiene el motor de almacenamiento MyISAM. Por lo tanto, no hay beneficio en exportar e importar la tabla y crear los índices posteriormente. La manera más rápida de cambiar una tabla al motor InnoDB es hacer las inserciones directamente en una tabla InnoDB. Es decir, utilizar ALTER TABLE ... ENGINE=INNODB, o crear una tabla InnoDB vacía con idénticas definiciones e insertar las filas con INSERT INTO ... SELECT * FROM ....

Si se tienen restricciones UNIQUE sobre claves secundarias, se puede acelerar la importación de una tabla desactivando temporalmente la verificación de unicidad durante la sesión de importación: SET UNIQUE_CHECKS=0;. Para tablas grandes, esto ahorra gran cantidad de operaciones de E/S en disco, debido a que InnoDB puede emplear su buffer de inserciones para grabar registros de índices secundarios en lote.

Para obtener un mejor control sobre el proceso de inserción, podría ser mejor llenar la tablas grandes por partes:

INSERT INTO nuevatabla SELECT * FROM viejatabla
   WHERE clave > valor1 AND clave <= valor2;

Luego de que todos los registros se hayan insertado, se pueden renombrar las tablas.

Durante la conversión de tablas grandes, se puede reducir la cantidad de operaciones de E/S en disco incrementando el tamaño del pool de buffer de InnoDB. No debe usarse más del 80% de la memoria física. También pueden aumentarse los tamaños de los ficheros de registro (log) de InnoDB.

Hay que asegurarse de no llenar completamente el espacio de tablas: las tablas InnoDB necesitan mucho más espacio que las tablas MyISAM. Si una sentencia ALTER TABLE se queda sin espacio, realizará una cancelación (rollback), y esto puede tomar horas si lo hace sobre el disco. Para las inserciones, InnoDB emplea el buffer de inserción para combinar en lotes los registros secundarios de índices con los índices. Esto ahorra gran cantidad de operaciones de E/S en disco. Durante la cancelación no se emplea ese mecanismo, de modo que puede llevar más de 30 veces el tiempo insumido por la inserción.

Si se produjera una de estas cancelaciones fuera de control, sino se tienen datos valiosos en la base de datos, puede ser preferible matar el proceso de la base de datos en lugar de esperar que se completen millones de operaciones de E/S en disco. Para el procedimiento completo, consulte Sección 15.8.1, “Forzar una recuperación”.